Фамилия Метюшкин — не самая частая, но её происхождение прослеживается достаточно ясно. В основе лежит имя или прозвище Метюшка. Это уменьшительная форма от православного имени Матвей (древнееврейское «дар Яхве»). В народной речи имя Матвей превращалось в Матюшу, а затем, под влиянием акающих говоров, где «о» после мягкого согласного звучит как «ё», возник вариант Мётюшка. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Метю́шкин.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Метюшкин). Такой тип фамилий был распространён в среде крестьян и посадских людей, особенно на севере и в центральных областях России. Фамилия образована не от полного церковного имени, а от его обиходной, «домашней» формы, что говорит о невысоком социальном положении первых носителей — скорее всего, они были крепостными или государственными крестьянами.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Метюшка от диалектного глагола «метаться» — суетливый, беспокойный человек. Однако в ономастике предпочтение отдают антропонимическому корню, то есть происхождению от имени. Фамилии на -ушкин и -юшкин (Метюшкин, Матюшкин) часто путают, но тут важен именно звук «ё»: он чётко указывает на местный говор предков, вероятно, из владимирских или ярославских земель.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в основном в Вятской, Костромской и Нижегородской губерниях. Встречается и вариант Матюшкин — он более распространён, но Метюшкин сохранил более архаичную фонетическую черту. Сегодня носители фамилии рассеяны по всей России, но наибольшая концентрация остаётся в Кировской области и в Чувашии.