Фамилия Матюшкин восходит к мужскому имени Матюшка, просторечной уменьшительной формы крестильного имени Матвей. В переводе с древнееврейского языка оно означает "человек Божий". Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матюшка, со временем получил фамилию Матюшкин.