Фамилия Матюшкнин — редкий случай, когда написание расходится с привычной моделью. На слух она почти неотличима от более распространённой фамилии Матюшкин, но суффикс -нин выдаёт иную историю образования. В русских фамилиях суффикс -ин стандартно присоединяется к основам на -а/-я (Петя — Петин, Кузьма — Кузьмин), а -ов/-ев — к основам на согласный. Здесь же мы видим Матюшк-нин, где -нин — это вариант суффикса -ин, который закрепился в нескольких фамилиях, образованных от имён или прозвищ на -ка. То есть основа — Матюшка, а не Матюшк.

Матюшка — это уменьшительная форма от крестильного имени Матфей (в русском обиходе — Матвей). Имя древнееврейского происхождения, означает «дар Яхве» (Божий дар). Такие «полуимена» в XV–XVII веках были обычны в крестьянской и посадской среде: человека в документах могли записать не полным именем, а как Матюшка, и эта форма ложилась в основу фамилии его детей. Фамилии на -нин с корнем Матюшк- встречаются реже, чем на -ин, и могут указывать на определённый говор или местную традицию словообразования. Например, в псковских и новгородских землях суффикс -нин иногда появлялся там, где в других регионах писали -ин.

С точки зрения социального происхождения фамилия Матюшкнин — скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянских родах такие «домашние» формы почти не встречались: знатные семьи предпочитали полные имена или фамилии на -ский. Если искать географическую привязку, то фамилия с таким окончанием могла закрепиться в северо-западных областях России, где диалектные особенности письменной речи сохранялись дольше.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать основу с прозвищем Матюшка от диалектного «матюгаться» (ругаться), но это натяжка: прозвища от глаголов редко давали такие уменьшительные формы. Правдоподобнее всего — происхождение от имени Матвей через обиходное Матюшка, с редким суффиксальным удвоением. В написании фамилии иногда встречается путаница: в старых метриках могли записать и Матюшкин, и Матюшкнин, и даже Матюшкинин — последняя форма уже совсем архаичная, с двумя суффиксами.