Фамилия Матюшин отвечает на вопрос «чей будете?» и образована от личного имени Матюша — так в народе ласково и обиходно звали Матвеев. Имя Матвей пришло на Русь вместе с христианством и восходит к древнееврейскому Маттитьяху, что значит «дар Яхве», «дарованный Богом»; в церковной традиции закрепился перевод «человек Божий». В крестьянской и посадской среде полные церковные формы не приживались: в быту использовали короткие и уменьшительные варианты, и Матюша — один из самых распространённых.

Модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе Матюш- добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Изначально Матюшин — это не самостоятельное имя, а ответ на вопрос «чей сын?»: Матюшин сын, то есть сын Матюши. Позже окончание закрепилось за всей семьёй и стало фамилией. Такой тип фамилий на -ин чаще всего встречался в северорусских землях и в Поволжье, тогда как на юге и западе страны преобладал суффикс -ов/-ев.

Любопытно, что Матюша — не единственная производная форма от Матвея. Однокоренные фамилии Матвеев, Матвеичев, Матюхин, Матюшкин, Матюнин образованы от разных уменьшительных вариантов того же имени. Разброс форм показывает, как живо имя бытовало в разных регионах: где-то говорили Матюха, где-то Матюня, а где-то Матюша. Фамилия Матюшин, таким образом, хранит память о конкретном произношении, которое закрепилось в роду.

Поскольку имя Матвей носили люди разных сословий, фамилия не имела узкой социальной привязки. Её могли получить и крестьяне, и мещане, и служилые люди. В документах XVI–XVII веков встречаются Матюшины среди посадских и дворовых людей, но массовое закрепление фамилии произошло позже, в XVIII–XIX веках, когда у крестьян после ревизий появились обязательные фамилии. Прозвищного или профессионального значения у основы нет: Матюшин всегда отсылает к личному имени предка, а не к его занятию или черте характера.