Фамилия Матюшины образована от уменьшительной формы крестильного имени Матвей — Матюша. В переводе с древнееврейского это имя означает «человек Божий» (дар Яхве), и в старину оно было одним из самых распространённых на Руси. Потомок человека по имени Матюша со временем получал фамилию Матюшин: суффикс -ин указывал на принадлежность «сыну Матюши» или «человеку из семьи Матюши».

Словообразовательная модель здесь простая и древняя: в основе лежит не полное каноническое имя, а его обиходный, «домашний» вариант. Такие фамилии на -ин чаще всего возникали в северорусских и центральных землях, где притяжательные прилагательные с этим суффиксом были особенно живучи. Матюшей могли звать не только в крестьянской среде, но и среди посадских людей и духовенства, поэтому фамилия не имеет узкой сословной привязки.

Любопытно, что у фамилии есть «родственники» по основе: однокоренные Матвеев, Матюхин, Матюшкин. Но если Матвеев прямо отсылает к полному имени, то Матюшин — к его ласкательному варианту. Это типичная черта русской ономастики: прозвищные формы имён закреплялись в фамилиях быстрее и охотнее, чем сами имена, потому что в быту именно они различали людей с одинаковым крестильным именем.

В документах фамилия встречается с XVII века, когда закрепилась практика передавать прозвание по отцу следующим поколениям. В переписных книгах и писцовых записях можно найти крестьян и ремесленников Матюшиных в Поволжье и на Русском Севере. Позже фамилия распространилась шире, но до сих пор чаще встречается в тех регионах, где были сильны традиции именно такого образования фамилий — от уменьшительных имён.

Отдельного упоминания заслуживает написание: в старых источниках встречаются варианты Матюшинъ, Матюшина, а также редкая форма Матюшиных, характерная для фамилий на -их/-ых в северных говорах. Современное написание с одним «ш» закрепилось после реформы орфографии 1918 года. Искать своих предков носителям фамилии стоит в первую очередь в метрических книгах и ревизских сказках — именно там Матюшины фигурируют как крестьяне, мещане и церковнослужители.