Фамилия Мезеткова — женская форма фамилии Мезетков. В основе лежит прозвище Мезеток, которое, скорее всего, происходит от тюркского слова «мезет» — в ряде тюркских языков это «мечеть». Такое прозвище могли дать человеку, жившему рядом с мечетью, служившему при ней или часто её посещавшему. В русских говорах, особенно в регионах, граничивших с татарскими и башкирскими землями, тюркские заимствования легко адаптировались, и фамилии на «-ков» от подобных основ не редкость.

Суффикс «-ок» в основе (Мезеток) указывает на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму, что типично для русских фамилий, образованных от личных имён или занятий. Затем к основе прибавился патронимический суффикс «-ов», означающий «сын Мезетка». Таким образом, Мезетков — это потомок человека по прозвищу Мезеток.

Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале — в зоне активных русско-тюркских контактов. В документах XVIII–XIX веков можно найти упоминания крестьян и мещан с такой фамилией, например, в Симбирской и Оренбургской губерниях. Альтернативная, менее вероятная версия связывает основу с диалектным глаголом «мезеть» (медлить, мешкать), но она не объясняет тюркского звучания корня.

Сейчас фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из смешанных русско-татарских или русско-башкирских семей. Споров о происхождении почти нет: тюркская версия наиболее убедительна и подтверждается географией.