Фамилия Межалис — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии. В основе лежит литовский корень, а не славянский, что заметно по характерному окончанию -ис. В литовском языке слово «межа» означает «граница, рубеж, межа», и суффикс -лис часто образует названия жителей по месту или роду занятий. Таким образом, Межалис — это «пограничник» или «тот, кто живёт у границы».

Однако есть нюанс. В русском языке слово «межа» тоже существует, но фамилии на -ис в центральной России почти не встречаются — они типичны для северо-западных областей, особенно для территорий, входивших в состав Великого княжества Литовского и Речи Посполитой: Смоленщина, Псковщина, Беларусь. Поэтому версия с чисто русским корнем «межа» и искусственным окончанием -ис маловероятна. Скорее всего, фамилия оформилась в литовско-русском пограничье, где литовская основа получила русское окончание -ов или осталась в исходном виде — Межалис.

Суффикс -лис в литовской ономастике продуктивен: он образует фамилии от названий местности или прозвищ, указывающих на характерную черту. Сравните с фамилиями Балтрушайтис, Мицкевич — хотя там другие суффиксы, принцип тот же: основа + литовский патронимический или топонимический формант. В случае Межалис формант не патронимический, а скорее локативный: «человек с межи, пограничный житель».

Социальный контекст: носитель такой фамилии мог быть крестьянином, жившим на спорной или окраинной земле, либо мелким служилым человеком, охранявшим границу. В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в метриках Виленской и Ковенской губерний, что подтверждает её прибалтийское происхождение. Позже, с миграцией, Межалисы появились в Сибири и на Дальнем Востоке, но их осталось немного — фамилия не входит даже в первую тысячу самых распространённых в России.

С точки зрения словообразования всё прозрачно: основа «межа» + суффикс -лис. Ударение, скорее всего, на первый слог: Ме́жалис, хотя в литовском варианте возможен перенос ударения на второй слог, если фамилия склоняется по литовским правилам. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется по женскому роду, если речь о женщине (Межалис, Межалис, к Межалис — для мужчины; для женщины — Межалис, Межалис, к Межалис).