Фамилия Межкенов — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по своему происхождению. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркскими языками, в частности с казахским или башкирским. Основа «межкен» или «мезкен» может восходить к слову «мекен» — «местожительство», «родина», «обитель». В таком случае прозвище Межкен (или Мезкен) мог получить человек, который был известен как уроженец определённой местности, либо, наоборот, пришлый, «безродный» — в зависимости от диалектного оттенка. Встречается также вариант, где «межкен» — это искажённое «мескен» («бедняк», «несчастный»), но эта версия менее убедительна, так как подобные прозвища редко становились основой для фамилий в тюркской среде.

Морфологически фамилия построена по классической русской модели: к тюркскому корню добавлен русский патронимический суффикс -ов. Это означает, что предок носителя фамилии носил личное имя или прозвище Межкен, а его сын стал Межкеновым — то есть «сыном Межкена». Такая модель была типична для осевших в России тюркских народов, особенно среди башкир, татар и казахов, у которых в XIX — начале XX века активно шёл процесс русификации фамилий.

Географически фамилия Межкенов тяготеет к южному Уралу и Западному Казахстану. Встречается она преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и в Актюбинской области Казахстана. Это подтверждает версию о башкирском или казахском происхождении: именно в этих регионах суффикс -ов активно присоединялся к тюркским основам при записи в метрические книги и ревизские сказки.

Интересная деталь: в фамилии сохранился звук «ж», который в русском языке при заимствовании часто заменялся на «з» или «ш». Это говорит о том, что фамилия образовалась не в канцелярии, а в живой устной среде, где носители языка произносили исходное слово именно через «ж». Такое фонетическое своеобразие делает фамилию Межкенов маркером конкретного диалекта или даже рода, который закрепил своё прозвище в неизменном виде.

О дворянском происхождении носителей фамилии сведений нет. Скорее всего, предки Межкеновых были из сословия государственных или ясачных крестьян, позже — из казачества. В любом случае, фамилия указывает на тюркские корни и на то, что её носитель происходит из среды, где личное прозвище было важнее официального имени.