Фамилия Меженова — женская форма от Меженов, и её разумнее начинать с мужского варианта, чтобы сразу понять корень. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Межен, которое, скорее всего, связано с русским словом «межа» — граница земельных участков, полоса между полями. Человек по прозвищу Межа или Межен мог быть землемером, крестьянином, чей надел находился на краю общинной земли, или просто живущим на границе села. Модель образования типична для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, получив «чей?» — Меженов, то есть сын или потомок Межена.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «межень» (середина лета, когда вода в реках спадает) или с глаголом «меженить» (отделять, разграничивать). Однако первая гипотеза надёжнее, так как прозвища по месту жительства или занятию встречаются в крестьянской среде сплошь и рядом. Фамилия могла закрепиться в центральных и южных губерниях России, где земельные споры и межевание были повседневным делом.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась не раньше XVI–XVII веков, когда такие патронимы стали передаваться по наследству. В дворянских родословных Меженовы не прослеживаются — это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждается её «земельным» корнем. Встречаются варианты написания через «я» (Мяженов), но это уже локальные диалектные искажения.