Фамилия Меженин образована от прозвища или нецерковного имени Межена. Основа, скорее всего, связана с глаголом «межать» — то есть проводить межу, границу, отделять. В русских говорах «межена» могла означать и «межа, граница», и «раздел, рубеж». Таким образом, Меженей в XV–XVII веках могли прозвать землемера, человека, который нарезал наделы, разграничивал владения, или же того, кто жил на стыке двух земель, на рубеже.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Меженин — буквально «сын Межени», «человек из рода Межени». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В этом ряду стоят и другие русские фамилии: Межевитин, Межевой, Межников.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. По данным переписей и ревизских сказок XIX века, Меженины встречались в Вятской, Пермской, Костромской губерниях. Это зона активного землепользования и переделов земли, где роль межевщика была особенно заметна. Встречаются варианты написания: Меженин и реже Меженинов — последний с двойным суффиксом, характерным для фамилий из Прикамья и Сибири.

Версия о происхождении от имени Меженя — уменьшительной формы от Мефодий (через Мефеня) — маловероятна. Такое стяжение нехарактерно для народной речи, а вот связь с межеванием прозрачна и подтверждается обилием однокоренных прозвищ в документах XVI–XVII веков: Меженик, Меженин, Межевой.

Сословный состав носителей фамилии был пёстрым: среди Межениных встречались и государственные крестьяне, и мещане, и купцы. Но в основе фамилии лежит не социальный статус, а конкретное занятие или место жительства предка.