Фамилия Меженина — женская форма, а мужская, Меженин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Меженин буквально означал «сын или потомок Межени». Сама основа — «межень» — слово, которое в русских говорах имело два основных значения, и оба могли дать прозвище.

Первое и самое распространённое значение — «межень» как «середина», «граница», «межа». В этом случае прозвище Меженя могли дать человеку, который жил на меже, на границе земельных участков, или тому, кто занимался межеванием — разметкой границ полей. Второе значение связано с уровнем воды: межень — это самый низкий уровень воды в реке, период летней засухи. Прозвище Меженя мог получить человек, живший у реки, которая сильно мелела, или, в переносном смысле, «сухой», сдержанный человек.

Слово «межень» — общеславянское, родственное «межа», и фамилия Меженин — это один из вариантов в ряду однокоренных: Межевой, Меженный, Меженин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мирских имён или профессий, форма на -ин типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Меженя — Меженин. Именно такой переход от прозвища к фамилии встречается в северных и центральных регионах России.

Географически фамилия Меженина не имеет узкой привязки к одному региону, но встречается в основном в областях, где было развито земледелие и межевание: в Поволжье, на Урале, в центральных губерниях. Встречаются также варианты написания через «о» — Межонин, что может быть диалектным произношением. Сословно носители фамилии — в основном крестьяне и мещане, так как прозвище было бытовым, а не аристократическим.

Таким образом, предок современных Межениных — человек, которого в деревне знали по его связи с границами полей или с рекой: землемер, сосед, живший у межи, или просто обладатель прозвища, данного за характер.