Фамилия Межулис — редкий случай, когда географическая основа очевидна, а способ её оформления выбивается из привычных русских моделей. В основе лежит топоним Межула: так называются несколько небольших деревень в Латвии, а также хутора в Литве. Название происходит от латышского mežs — «лес», то есть Межула — буквально «лесное место» или «лесная усадьба». Человек, получивший фамилию Межулис, скорее всего, был выходцем из такого поселения.

Ключевая особенность — суффикс -ис. В русской ономастике он почти не встречается, зато характерен для латышских фамилий мужского рода. Окончание -is указывает на принадлежность к роду или местности: Межулис — «тот, кто из Межулы». Встречаются и литовские параллели с окончанием -is, но в данном случае латышский след более вероятен, так как в Литве чаще используют суффикс -aitis или -unas. Иными словами, фамилия Межулис — это латышская по происхождению фамилия, которая попала в русский контекст, скорее всего, через миграцию прибалтийских крестьян в XIX — начале XX века.

Попытки вывести фамилию напрямую из русского слова «межа» (граница) фонетически сомнительны: тогда ожидалось бы Межулев или Межулин. Однако в латышском языке есть слово mežs, что делает версию с лесом основной. Социально предки носителей фамилии — это, вероятно, крестьяне или батраки из курляндских или лифляндских имений, которые при переезде в центральные губернии России сохранили фамилию в исходной балтийской форме. Встречается Межулис и среди потомков латышских стрелков, осевших в советское время в разных регионах.

Из-за редкости фамилия почти не встречается в массовых справочниках. Её носители — это, как правило, люди, чьи корни уходят в Латгалию или Земгалие, а сама фамилия — живой след балтийского диалекта, не переработанный русским языком.