Фамилия Мажулис — явный «пришелец» в русском именослове, и её происхождение лежит за пределами восточнославянских земель. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, окончание -ис выдает в ней балтийские или, точнее, латышские корни. Это типичная латышская фамилия, образованная по модели, где к основе добавляется суффикс -ulis, а затем русифицированное окончание -ис (в латышском оригинале часто -ulis или -us).

Основа «Маж-» восходит к латышскому слову «mažs» или «mazs», что значит «маленький». Таким образом, Мажулис — это уменьшительное прозвище, которое можно перевести как «малыш», «маленький человек» или «младшенький». Вероятно, так в семье или в общине называли младшего сына, низкорослого мужчину или, в переносном смысле, человека невысокого социального положения. Сравните с другими латышскими фамилиями той же модели: Мазулис, Калнулис (от «kalns» — гора).

Исторически фамилия Мажулис могла появиться на территории современной Латвии, а затем, в результате миграций, переселений или вхождения этих земель в состав Российской империи, закрепиться и в русскоязычной среде. Носители такой фамилии — это, скорее всего, потомки латышских крестьян или мещан, получивших фамилию в XIX веке, когда в Курляндской, Лифляндской и других балтийских губерниях проходил процесс массового закрепления фамилий. Встречается она и у литовцев, где аналогичная форма могла звучать как Мажулис или Мажулис (от «mažas» — маленький), но латышский вариант с суффиксом -ulis более характерен.

В русском контексте фамилия редкая и нечастотная. Её носители, как правило, имеют балтийские корни, хотя за несколько поколений могли полностью ассимилироваться. Споров о происхождении здесь почти нет: балтийская модель образования настолько прозрачна, что альтернативные версии (например, от тюркского или славянского корня) выглядят натянутыми и не имеют под собой ни географической, ни словообразовательной опоры.