Фамилия Мажолис — одна из тех, что сразу выдают балтийские корни. В отличие от славянских фамилий на -ов/-ин, литовские и латышские фамилии часто сохраняют основу без дополнительных русских суффиксов, и Мажолис — типичный пример такого «чистого» оформления. Самая правдоподобная версия разбивает фамилию на две литовские основы: maža («мало») и ola («нора, пещера»). Если следовать этой логике, прозвище могло получить человек, живший в скромном, тесном жилье — маленьком домике или землянке, что указывает на небогатое происхождение из крестьян или ремесленников.

Вторая гипотеза проще и естественнее для антропонимики: фамилия могла произойти от литовского слова maželis — «маленький», «малыш». В таком случае Мажолис — это не описание жилища, а личное прозвище. Его могли дать либо младенцу как ласковое домашнее имя, которое затем закрепилось, либо взрослому человеку за малый рост или худощавость. Этот путь образования фамилий — от индивидуальной характеристики человека — встречается в балтийской ономастике повсеместно, поэтому версия с maželis выглядит убедительнее, чем сложная конструкция из двух слов.

Менее вероятна гипотеза, выводящая фамилию за пределы балтийского ареала — в восточную ономастику. Согласно ей, в основе лежит кыргызское слово «мажилис» («собрание», «заседание»). Однако эта версия слаба: географически и культурно фамилия Мажолис прочно привязана к Литве, и её звуковой облик типичен именно для литовских фамилий, а не для тюркских, где такие окончания встречаются редко.

Стоит добавить, что в литовской традиции женские формы фамилий строятся строго: у незамужних — от основы отца с суффиксами -айт-, -ут-, -ют- и окончанием -е (например, Мажолис — Мажоляйте), у замужних — с суффиксом -ен- и окончанием -е (Мажолене). Сама фамилия Мажолис входит в многочисленную группу исконно литовских фамилий, которые, в отличие от заимствованных через немецкий (Bergmanis) или славянские языки (Jablonskis), прямо происходят от слов, описывающих природу, быт или внешность человека.