Фамилия Мажилис — довольно редкая на русском языке по звучанию, и её происхождение уводит нас не в славянскую, а в балтийскую языковую среду. В основе фамилии лежит литовское слово mazulis, что означает «малыш» или «малютка». Это слово, в свою очередь, образовано от корня maž- со значением «мало» (mažai) или «маленький» (mažas). Таким образом, прозвище Мажилис, от которого пошла фамилия, могло закрепиться за человеком по двум причинам. Первая — чисто внешняя: невысокий рост, миниатюрное телосложение. Вторая, более вероятная с точки зрения традиций имянаречения, — указание на младшего ребёнка в семье. Во многих культурах, включая балтийскую, последнего ребёнка нередко называли «малышом», и это прозвище со временем становилось фамильным именем.

Любопытно, что в Литве существовал и древний антропоним Мажилис, который давали именно последнему, «замыкающему» ребёнку. В таком случае фамилия сохранила не столько описание внешности, сколько социальный статус человека в семейной иерархии. Суффикс -ис в фамилии типичен для литовской модели образования фамилий (сравните с латышскими фамилиями на -с). В русскую среду фамилия попала, скорее всего, через контакты с литовцами или белорусами, на чьи земли балтийское влияние было исторически сильным. Встречается она в основном в западных регионах России и в Беларуси, что подтверждает её «литовский след».

Фамилия Мажилис — редкий пример того, как балтийское слово прочно закрепилось в русском фамильном ономастиконе, сохранив своё первоначальное, уютное значение «маленький» или «младший».