Фамилия Мигефер — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов вроде -ов или -ин, что сразу наводит на мысль об иноязычной основе или искусственном происхождении. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде духовенства, где было принято образовывать «говорящие» фамилии из латинских или греческих слов.

Первый и самый правдоподобный вариант: Мигефер — это переделка латинского словосочетания «mihi fecit» (сделано для меня) или «mihi fer» (неси мне). В семинарской среде такие фамилии давали ученикам, которых отличала исполнительность, услужливость или, наоборот, ироничное прозвище за привычку просить. Священники и дьячки часто получали фамилии от первых слов, которые они произнесли на латыни при поступлении, или от любимых фраз наставников. Похожие примеры — фамилии Михиферов, Михирев, Феферов.

Второй, менее вероятный вариант — тюркское происхождение. Если разбить фамилию на «миге» и «фер», можно предположить связь с тюркскими корнями, где «миге» означает «мозг» или «ум», а «фер» — суффикс обладателя. Тогда Мигефер могло бы означать «умный», «разумный». Однако эта версия слаба: в русских документах фамилия не встречается в тюркоязычных регионах, а суффиксальная модель для тюркских фамилий нетипична.

Третий вариант — искусственное создание фамилии в XIX веке для ученика духовной семинарии из греческого или латинского корня, связанного с понятием «смешивать» или «мешать» (от лат. misceo). Но эта версия ещё более умозрительна.

Географически фамилия Мигефер встречается крайне редко, в основном в центральных областях России, что подтверждает её семинарское происхождение: такие фамилии не были массовыми и оставались локальными. Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из семей потомственных священнослужителей или причётников, где фамилия передавалась по наследству, сохраняя память о латинской шутке или прозвище предка.