Фамилия Мигиськин — один из тех случаев, когда написание сильно расходится с тем, как слово звучало в живой речи. На слух она почти неотличима от более распространённой фамилии Мигискин, и это не случайно. Скорее всего, перед нами вариант, закреплённый в документах из-за особенностей местного произношения или ошибки писаря. В основе обеих фамилий лежит прозвище Мигиска или Мигиська, а оно, в свою очередь, образовано от глагола «мигать» или существительного «миг».

Прозвища от глагола «мигать» на Руси давали людям с живой, подвижной мимикой, тем, кто часто моргал, щурился или имел привычку быстро, «мигом» оглядываться. В северных и сибирских говорах слово «мигать» имело и дополнительный оттенок — «подмигивать, подавать знак», так что прозвище могло указывать на человека хитрого, себе на уме. Суффикс -иск- (в форме Мигиска) характерен для народных, сниженных прозвищ, часто с оттенком пренебрежения или шутки, как, например, Вориска, Плутиска. Форма Мигиська — с мягким знаком — могла возникнуть под влиянием уменьшительно-ласкательных имён (Ванька, Митька) или как диалектное смягчение согласного.

Фамилия Мигиськин — отчество второго порядка, отвечающее на вопрос «чей сын?»: сын Мигиськи. Суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Петин, Васин. Ареал фамилии, судя по данным современных поисковых систем, сосредоточен в Поволжье и на Урале — регионах, где была сильна традиция нецерковных имён и прозвищ, а письменная фиксация часто искажала звучание фамилий.

Вторая, менее вероятная, но лингвистически возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В татарском и башкирском языках есть слово «миг» (веко, ресница), от которого могло образоваться прозвище Мигиська — «тот, у кого заметные веки» или «тот, кто часто моргает». В этом случае фамилия оказывается на стыке русской словообразовательной модели и иноязычной основы, что типично для многонациональных регионов России. Однако для уверенного утверждения этой гипотезы не хватает письменных подтверждений: в тюркских языках прозвища от «миг» не зафиксированы как распространённые.

Таким образом, носитель фамилии Мигиськин с высокой долей вероятности происходит от человека, получившего прозвище за манеру часто моргать или подмигивать, а сама фамилия закрепилась в форме, отражающей живую устную речь русского Севера или Поволжья.