Фамилия Мигушкина — женская форма фамилии Мигушкин, и её происхождение стоит искать в мужском личном имени или прозвище Мигушка. Это уменьшительно-ласкательная форма от одного из крестильных имён, скорее всего, от Дмитрий или Михаил. В русской народной традиции такие сокращения были обычным делом: Дмитрий превращался в Митю, Митюху, а затем и в Мигуша; Михаил давал Мишу, Мишуту, Мишутку. Форма Мигушка могла возникнуть и от имени Емельян (через Емеля, Емиг), но это менее вероятно. Суффикс -ушк- в данном случае не просто уменьшительный, а скорее ласкательно-бытовой, характерный для деревенских прозвищ: им называли младшего в семье, любимца или просто человека с мягким нравом.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа Мигушк- плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство: «чей?» — Мигушкин, то есть сын или потомок Мигушки. Фамилия эта — яркий представитель «патронимического» типа, самого распространённого в России. Если бы предок носил прозвище Мигушка не от имени, а от глагола «мигать» (например, за частые моргания или хитроватый взгляд), то фамилия всё равно образовалась бы по тому же принципу, и разобрать эти два корня без документальных записей почти невозможно. В любом случае, в основе лежит живое народное слово, а не книжное.

Географически фамилия Мигушкин встречается нечасто и тяготеет к центральным и северным регионам России — в старых переписях её фиксировали, например, в Вологодской и Костромской губерниях. Это говорит о том, что носители были скорее крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами: фамилии на -ин в этих слоях населения формировались от бытовых прозвищ и имён, тогда как дворянские роды чаще имели «аристократические» суффиксы -ов/-ев. Среди редких вариантов встречается написание Мигушкинъ с твёрдым знаком — до реформы орфографии 1918 года, но в современном виде фамилия пишется просто и без путаницы.

Любопытная деталь: однокоренные фамилии Мигунов, Мигачёв, Мигалкин образованы от того же глагола «мигать», но Мигушкин стоит особняком — его уменьшительная форма мягче и интимнее, что выдаёт не профессиональное прозвище (как у Мигалкина, «тот, кто мигает»), а скорее домашнее, внутрисемейное обращение. То есть предок Мигушкин, скорее всего, был не «мигающим» человеком, а просто Мигушкой — ласковым прозвищем, которое потом закрепилось за родом.