Фамилия Микаэльян — классический пример армянского родового имени, образованного по самой распространённой модели: к личному имени добавили патронимический суффикс -ян (в старой орфографии -янц). Это прямой ответ на вопрос «чей ты?», «из какого рода?». Основа здесь — мужское имя Микаэл, армянский вариант библейского имени Михаил (в переводе с древнееврейского «кто как Бог»). Таким образом, Микаэльян означает «потомок Микаэла», «из рода Микаэла».

Если смотреть на словообразовательную цепочку, то она предельно прозрачна: имя Микаэл (Микаэль) + суффикс -ян. В русской передаче часто встречается двойная «л» — Микаэлльян, но это следствие попыток сохранить произношение исходного армянского имени. В самой Армении фамилия пишется как Միքայելյան (Михкаелян), где «х» — закономерный звук в армянском языке. В русскоязычной среде закрепился вариант через «к», так как он ближе к европейской передаче имени Michael.

Географически фамилия Микаэльян — одна из тех, что не привязана к одному региону Армении. Имя Микаэл было широко распространено по всему Закавказью, поэтому носители фамилии встречаются и в исторической Западной Армении (территория современной Турции), и в Восточной (территория современной Армении), и среди армянской диаспоры. В Российской империи фамилию начали фиксировать в документах в XIX веке, когда армянские фамилии стали оформляться по единому стандарту.

Стоит отметить, что в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, армянский суффикс -ян не указывает на сословную принадлежность. Микаэльянами могли быть и крестьяне, и ремесленники, и священники, и князья — модель работает для всех слоёв. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя фамилии носил имя Микаэл, а сама фамилия — одна из самых древних в армянской ономастике, так как имена библейского корня были в ходу с первых веков христианства в Армении.