Фамилия Микерина образована от разговорной формы старинного православного имени Никифор. Цепочка переходов выглядит так: Никефор → Микефор → Микера. Имя Никифор пришло на Русь из греческого языка и означает «победоносец». Основатель рода, носивший имя Микера, скорее всего, принадлежал к простому сословию — в среде крестьян и посадских людей такие сокращённые и усечённые формы церковных имён были обычным делом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Микерина — это «дочь или жена Микеры», а для мужской линии — «потомок Микеры». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён, оканчивающихся на гласный.

Интересно, что имя Никифор дало и другие родственные фамилии: Никифоров, Микифоров, Микешин. Но Микерина стоит особняком: здесь сохранилась именно та промежуточная форма, которая в большинстве регионов не прижилась. Это делает фамилию редкой и локально привязанной — вероятно, родословная уходит корнями в ту местность, где говор на «микать» и «микерить» был естественным.

Если искать аналоги в ономастике, то подобное усечение основы встречается у фамилий типа Панкратов (от Панкратий) или Фомин (от Фома). Однако в случае с Микериной мы видим не просто сокращение, а фонетическое видоизменение: начальное «ни» перешло в «ми» под влиянием народной этимологии. Люди переосмысляли незнакомое греческое имя, сближая его с привычными словами, — так и появилась форма Микера.

Точных сведений о дате возникновения фамилии нет, но можно предположить, что она закрепилась не раньше XVI–XVII веков, когда фамилии начали массово оформляться у непривилегированных сословий. Носители фамилии сегодня встречаются редко, и это скорее плюс для тех, кто ищет свои корни: чем реже фамилия, тем проще проследить её историю по архивным документам.