Фамилия Михальченя — белорусская по своему происхождению, что сразу видно по суффиксу «-еня». В русской традиции такие фамилии обычно заканчивались бы на «-енко» (Михальченко), но в белорусском языке и соседних западнорусских говорах «-еня» — такой же патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». То есть Михальченя — это буквально «Михайлов сын», «маленький Михаил».

В основе лежит каноническое имя Михаил (от древнееврейского «кто как Бог»), которое в народной речи на западе России и в Беларуси часто сокращалось до Михаль. От этой формы и образовалась фамилия: Михаль + суффикс «-еня». Такая словообразовательная модель типична для фамилий крестьянского и мещанского сословий на территории бывшего Великого княжества Литовского, где фамилии на «-еня» (как и на «-ук», «-чук») фиксировали принадлежность к роду, но без притяжательного суффикса «-ов».

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на «-ов», которые склоняются как прилагательные (Михальчев — Михальчева), фамилия Михальченя склоняется по образцу существительных женского рода (Михальченя, Михальчени, Михальченю). Это характерный признак белорусских патронимов, которые сохранили старую форму родительного падежа единственного числа. Встречается фамилия преимущественно в Гродненской, Брестской и Минской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

Родственные фамилии — Михальченко (украинский вариант), Михальчук, Михалькевич, Михальцов. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, которые указывают на регион и эпоху формирования фамилии. Михальченя — один из самых архаичных вариантов, сохранивший живую народную форму имени без книжного «-ил» в конце.