Фамилия Михалдыкин — один из тех случаев, когда в основе лежит не очевидное имя, а его диалектная или просторечная форма. Корень здесь — крестильное имя Михаил, которое в народе дало множество вариантов: от известных Михал, Мишата, Михей до более редких Михалда, Михалдык. Именно от прозвищной формы Михалдык (или Михалда) и образована фамилия с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Финальное -ын — это фонетический вариант того же суффикса после твёрдых согласных: Михалдык + ин = Михалдыкин, то есть «сын Михалдыка» или «человек из семьи Михалдыка».

Особенность фамилии — в суффиксе -дык, который редко встречается в стандартной антропонимии. Это характерный показатель южнорусских и украинских говоров, где -ык (или -ик) выступал в роли уменьшительно-ласкательного или, реже, пренебрежительного суффикса. Сравните с фамилиями Бондыкин (от Бондык, Бонда — сокращение от Богдан) или Ковалдыкин (от коваль — кузнец). Таким образом, Михалдыкин — это не просто «Михайлов», а «Михайлович» в народном, деревенском звучании, с оттенком «маленький Михаил» или «Михаил из своей среды».

Географически фамилия тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям и прилегающим районам Украины — именно там фиксируются говоры с активным использованием суффикса -ык. В документах XVII–XVIII веков можно было встретить запись «Михалдык», но как фамилия она закрепилась уже в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу или прозвищу. Социально предки носителя фамилии — скорее всего, однодворцы или государственные крестьяне южных окраин, а не дворяне: суффикс -дык в дворянских фамилиях практически не встречается.

Споров вокруг корня немного. Версия о связи с тюркским «малдык» (кирка, мотыга) или с греческим «михал» (рыба) — надуманна и не имеет лингвистической опоры: фамилия чётко вписывается в славянскую модель, и искусственные параллели только засоряют картину. Реально только одно: Михалдыкин — живой свидетель того, как в русской глубинке простонародное имя обрастало местными суффиксами, превращаясь в уникальный родовой знак.