Фамилия Михалочкин отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного имени Михалочка — так в старину ласково называли человека, носившего крестильное имя Михаил. Само имя восходит к древнееврейскому «ми-ха-эль», что значит «кто как Бог», и принадлежит к числу самых частых в православных святцах: под этим именем известно несколько святых покровителей. Поэтому потомок человека, которого в семье или в округе звали Михалочкой, со временем и получил фамилию Михалочкин.

Словообразовательная цепочка здесь простая и прозрачная: Михаил → уменьшительно-ласкательное Михалочка → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин → фамилия Михалочкин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «сын Михалочки» или «из семьи Михалочки». Фамилия отвечает на вопрос «чей?», что типично для древнейшего пласта русских семейных прозваний, закрепившихся за крестьянством и посадскими людьми.

Интересная деталь: форма Михалочка не самая распространённая среди производных от Михаила. Гораздо чаще встречались Миша, Мишка, Михайло, Михайла. Форма с суффиксом -очк- носит подчёркнуто ласкательный, почти домашний оттенок. Она могла закрепиться за человеком невысокого роста, младшим в семье или просто любимцем, которого так звали родные. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных или обиходных форм имени, фамилии на -ин от имён с уменьшительными суффиксами встречаются реже, что делает Михалочкина заметным на фоне однокоренных Михайловых, Мишиных или Михайличенко.

В написании фамилии обращает на себя внимание буквосочетание -очк-. В разговорной речи её иногда путают с фамилией Михайлочкин, но это разные образования: вторая происходит от формы Михайлочка, то есть от более полного варианта имени. Михалочкин же закрепился именно за краткой, «домашней» формой, что говорит о давнем бытовании фамилии в среде, где имя использовали в повседневном, неофициальном обиходе.