Фамилия Михалочкина образована от ласкательной формы Михалочка — так в старину в быту звали человека с крестильным именем Михаил. Само имя восходит к древнееврейскому сочетанию «ми-ха-эль», что значит «кто как Бог». Вопрос, вложенный в это имя, риторический: ответ подразумевается — «никто». Такие имена-символы на Руси носили охотно, поэтому Михаилов всегда было много, а в святцах под этим именем значатся сразу несколько святых покровителей.

Суффикс -очк- в основе указывает на чисто разговорное, домашнее происхождение прозвища. Это не книжная форма и не официальное именование, а то, как звали человека в семье или в тесном кругу. Показательно, что от полного церковного имени Михаил фамилии образовывались напрямую — Михайлов, Михалев, Михайлин, — а вот Михалочкин стоит особняком: он закрепился от уменьшительного, а не от канонического варианта.

Модель образования проста: к основе Михалочк- добавили типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Выходит, что фамилия буквально отвечала на вопрос «чей ты?» — сын или дочь Михалочки. Скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия: сложные уменьшительные формы с двойным суффиксом в среде крестьян и посадских встречались чаще, чем в дворянской среде, где предпочитали более короткие и книжные варианты.

Женская форма Михалочкина — это не отдельная фамилия, а грамматическое производное от мужской Михалочкин. Так в русской традиции фамилию жены или дочери приводили к женскому роду, и это сохранилось до наших дней как наследие патриархального уклада, где родовая принадлежность передавалась по мужской линии.