Фамилия Микинников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а целая профессиональная характеристика, зашитая в суффиксальную цепочку. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать слово по частям, и это даст больше, чем поиск гипотетического «Микина».

Корень здесь — «Микин», который восходит к уменьшительной форме имени Михаил (Мика, Микя, Микин). Такие формы в русском языке были распространены: от Михаила образовались Миша, Миня, Мика. Но главное не в основе, а в том, как фамилия строится дальше.

Суффикс «-ников» — один из самых красноречивых в русской ономастике. Он указывает на род деятельности или принадлежность к ремеслу. Сравните: плотник — Плотников, мельник — Мельников, охотник — Охотников. То есть Микинников — это не «сын Микина», а «сын Микинника». А кто такой Микинник? Человек, который имел отношение к Микину: мог быть его работником, слугой, подмастерьем или, что правдоподобнее, крестьянином, жившим на земле помещика Микина. В крепостной России крестьян часто записывали по имени владельца: «Ивановы», «Петровы», а если владелец был Микин (то есть сын Мики), то его люди становились Микинниковыми.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: «Микинник» могло быть прозвищем человека, который подражал Микину или был его постоянным спутником. Однако суффикс «-ник» в русских прозвищах чаще привязывал к месту или занятию, чем к личности.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России — Вологодской, Архангельской, Ярославской, где были распространены формы имени Мика и Микя. Встречается она редко, что подтверждает её узкую локальную природу: скорее всего, она возникла в одном или нескольких соседних селах, где жил или владел землёй конкретный Микин.

Таким образом, Микинников — это фамилия-профессия, но профессия социальная: она не говорит о ремесле, а указывает на зависимое положение предка. Носитель этой фамилии мог быть крепостным крестьянином или дворовым человеком, приписанным к определённому хозяину. Дворянской фамилия никогда не была — слишком «простой» суффикс и слишком конкретная привязка к земле и человеку.