Фамилия Миколайтис — редкий для России пример литовской модели образования фамилий. Её основа — народная форма имени Миколай, то есть Николай (у литовцев Mikalojus, разговорное Mykolas). Суффикс -айтис (-aitis) — классический литовский патронимический показатель, указывающий на сына или потомка. То есть Миколайтис буквально означает «сын Миколаса» или «потомок Миколаса». В Литве такие фамилии массово закрепились за крестьянами в XIX веке, когда шёл процесс обязательной паспортизации.

В русском контексте фамилия Миколайтис почти всегда указывает на литовские или западно-белорусские корни носителя. Встречается она в основном на северо-западе России, особенно в Калининградской области, Псковщине и в Ленинградской области — регионах, куда литовское население переселялось или где исторически жили балтские народы. Если предок носил такую фамилию, он почти наверняка был крестьянином-католиком из этнической Литвы или из смешанных районов бывшего Великого княжества Литовского.

Обратите внимание на ударение. В литовском языке ударение в фамилиях подвижное, но в русской передаче чаще всего ставят ударение на второй слог: Микола́йтис. Встречаются варианты написания через «о» после «к» — Миколайтис, но изредка можно увидеть искажённые формы вроде Миколаец или Миколаевич — это попытки русифицировать фамилию по аналогии с русскими отчествами.

Примечательно, что в самой Литве фамилии на -айтис сейчас считаются «жемайтскими» (северо-западными) и более архаичными. В советское время многие Миколайтисы при переезде в РСФСР меняли окончание на -ов или -ин, чтобы избежать дискриминации по национальному признаку. Поэтому если вы носите эту фамилию сегодня, вы — носитель редкого балтийского патронимима, который почти не изменился с XIX века.