Фамилия Миколайко — яркий пример того, как одна буква в суффиксе меняет «национальность» фамилии. В её основе лежит имя Миколай — польская и западноукраинская форма канонического имени Николай (от греческого «никэ» — победа и «лаос» — народ, то есть «победитель народов»). Но если бы фамилия звучала как Миколаев или Миколайчук, вопросов бы не было. Суффикс -ко здесь указывает на украинскую или белорусскую среду, причём не на патроним (сын Миколая), а скорее на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму. То есть Миколайко — это не «сын Миколая», а «маленький Миколай», «Миколайка». Так могли назвать ребёнка или молодого парня, а потом прозвище закрепилось за родом.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины — Волынь, Галичина, Подолье, а также к юго-востоку Польши (Подляшье, Люблинщина). Именно там польское имя Миколай соседствовало с украинским суффиксом -ко, который в этих краях был распространён не меньше, чем в центральной Украине. В Российской империи такие фамилии часто «обрусевали»: переписчики могли записать Миколайкова или Миколаева, но исходная форма Миколайко сохранилась в тех семьях, которые либо долго оставались в польско-украинском пограничье, либо эмигрировали уже в XX веке.

С точки зрения социального статуса, Миколайко — типичная крестьянская или мещанская фамилия. Дворянские роды с таким окончанием встречаются редко, поскольку -ко в Речи Посполитой считалось «простым» суффиксом, в отличие от -ский или -ович. Однако это не делает фамилию менее интересной: по ней можно проследить, как православное имя Николай, пройдя через польское произношение, обросло местным суффиксом и закрепилось в украинской ономастике. Если ваши предки носили фамилию Миколайко, скорее всего, они были мелкими земледельцами или ремесленниками из западноукраинских сёл, где имя Миколай было одним из самых употребительных.

В современной России фамилия встречается редко и обычно указывает на миграцию с Украины или из Беларуси в XX веке. Иногда её путают с более частой Миколаенко, но разница в суффиксе принципиальна: -енко — это «сын Миколая», а -ко — уменьшительное прозвище самого носителя. Так что Миколайко — фамилия-прозвище, а не фамилия-отчество.