Фамилия Миколинская — относительно редкий пример, в котором географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную или профессиональную основу. Если коротко: её получили люди, владевшие или жившие в местечке под названием Миколино, Миколин или Миколинск. Формант «-ский» в русской традиции указывает на дворянские или шляхетские корни, но на практике такие фамилии носили и крестьяне, переселившиеся из деревни с этим именем.

Основа фамилии — топоним, восходящий к имени Микола. Это народная форма крестильного имени Николай (от греческого «николаос» — «победитель народов»). В украинском и белорусском говорах «Микола» стало самостоятельным именем, а в польской традиции ему соответствует Mikołaj. Таким образом, название поселения Миколино — это буквально «село, принадлежащее человеку по имени Микола» или «освящённое в честь святого Николая» (Николая Чудотворца, Миколы-угодника). Церковный вариант имени дал фамилии Никольский, а народный — Миколинский.

Суффикс «-ск-» в фамилии Миколинская — типичный топонимический маркер, указывающий на связь с местом. Женская форма на «-ая» закрепилась в русской традиции как фамилия для замужних женщин или дочерей, тогда как мужская звучала бы как Миколинский. В польском варианте окончание было бы «-а» (Mikolińska), но написание через «ая» выдаёт восточнославянскую или русифицированную среду.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам России, Украине и Беларуси. В этих краях действительно существовали деревни с названием Миколино — например, в Псковской и Смоленской областях, а также на Волыни. Встречается также вариант Миколинская у потомков польской шляхты, осевшей на землях бывшей Речи Посполитой. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: от мелкопоместных дворян, владевших хутором Миколин, до крестьян, записанных по месту жительства в метриках.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда её путают с Микулинская (от имени Микула — народная форма Дмитрия), но это разные корни: Микула и Микола — не одно и то же. В украинском языке «Микола» чётко привязано к Николаю, и никакой альтернативной этимологии, кроме имени и топонима, у фамилии нет.