Фамилия Миколин — это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени отца. Её основа — просторечная форма Микола, которая восходит к каноническому церковному имени Николай. В русской народной среде имя Николай часто «обкатывали» до Миколы, Миколая, а в украинском и белорусском диалектах форма Микола стала основной. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Миколин» буквально означало «сын Миколы» или «из семьи Миколы».

Интересно, что фамилия Миколин встречается реже, чем её «близнецы» Миколаев или Миколенко. Это говорит о том, что она могла закрепиться в относительно узком ареале — скорее всего, на стыке великорусских и украинских говоров (южные области России, восток Украины). В отличие от фамилий на -ов/ев, которые преобладают в северной и центральной Руси, фамилии на -ин чаще возникали от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь как раз такой случай: Микола — основа на -а, поэтому и суффикс -ин, а не -ов.

Словообразовательная модель проста, но есть нюанс: в некоторых говорах Миколой называли не только человека по имени Николай, но и могли дать прозвище по имени святого — Николая Чудотворца. Однако в данном случае прозвищная версия менее вероятна: фамилия явно образована от личного имени, а не от апеллятива (нарицательного слова). Если бы в основе лежало прозвище, связанное с церковью, мы бы скорее увидели форму Миколинский или Миколинцев.

В сословном отношении Миколины, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянские роды с такой фамилией не фиксируются в известных родословных книгах. Встречается фамилия и в среде казачества — на Дону и Кубани, где форма Микола была особенно употребительна.

Если коротко: ваши предки по мужской линии носили имя Николай, но в народном, «опрощенном» варианте — Микола. Фамилия эта русская по словообразованию, но с явным южным или украинским оттенком в основе.