Фамилия Микшунас звучит как литовская, и это первое, что бросается в глаза. Окончание -ас типично для литовских фамилий мужского рода: в Литве оно указывает на именительный падеж, а в русском языке такие фамилии обычно не склоняются, если только сам носитель не настаивает на ином. Корень Микш- — это, скорее всего, вариант личного имени Микас, которое является краткой формой от Миколас (литовский аналог русского Николая). То есть Микшунас — это «сын Микаса» или просто «маленький Микас», образованное с помощью патронимического суффикса -ун-.

Интересно, что в литовской ономастике суффикс -унас встречается реже, чем распространённые -итис или -явичюс, и часто указывает на более старую, архаичную модель образования фамилий. Такие формы были характерны для крестьянских прозвищ в Жемайтии и восточной Литве. Поэтому предки Микшунасов, скорее всего, были простыми земледельцами или ремесленниками, чью фамилию закрепили за их потомками по отцовской линии.

В русском контексте фамилия Микшунас могла появиться после присоединения западных губерний к Российской империи, когда литовские фамилии записывали по-русски с сохранением окончания. Альтернативная версия, хоть и менее вероятная, — что основа восходит к польскому или белорусскому прозвищу Микша, которое могло означать «мешковатый», «неуклюжий» или быть производным от глагола «микать» (мять, теребить). Но литовское происхождение выглядит убедительнее из-за чёткого грамматического маркера.

Сейчас фамилия Микшунас встречается в основном в Литве и у литовских диаспор, а в России — в единичных случаях, чаще в Калининградской области или у потомков литовских переселенцев. Это не массовая фамилия, что делает её хорошим маркером национальных корней.