Фамилия Микшунова — женская форма, мужская — Микшунов. В основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Микшун. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ун- в русских фамилиях часто указывает на деятеля или носителя признака (говорун, бегун), а окончание -ов типично для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный. Таким образом, Микшун — это человек, которого так прозвали, а его потомки стали Микшуновыми.

С корнем сложнее. Самое правдоподобное объяснение — связь с глаголом «мигать» или «мигнуть» в диалектном значении. В северных и сибирских говорах «микшуном» могли называть того, кто часто моргает, щурится или имеет привычку подмигивать. Прозвища по физическим особенностям или манере поведения — один из самых частых источников русских фамилий, и эта версия выглядит рабочей. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «микса» (мешанина, путаница) — тогда прозвище мог получить нерасторопный или неаккуратный человек.

Суффикс -ун- в фамилии Микшунов — не самый распространенный, но и не редкий. Он характерен для фамилий, которые образовались от прозвищ, даваемых по действию, а не по профессии. Сравните с фамилиями Болтунов, Ворчунов, Скакунов — все они построены по той же схеме. Это сразу отличает Микшуновых от фамилий, произведённых от крестильных имён (Иванов, Петров) или названий ремёсел (Кузнецов, Плотников).

Географически фамилия Микшунов встречается не повсеместно, но имеет заметный след в Поволжье и на Урале. Встречается она и у старообрядческих семей, что косвенно подтверждает её севернорусское или волжское происхождение — именно там были сильны старые прозвищные традиции. Если ваши предки Микшуновы, они с высокой вероятностью происходят из крестьянской или мещанской среды, и фамилия закрепилась за ними ещё в XVII–XVIII веках, когда прозвища начали передаваться по наследству.