Фамилия Микунов образована от имени Микун, которое в свою очередь является просторечной формой крестильного имени Никон. В русской народной традиции имя Никон, пришедшее из греческого («побеждающий»), часто сокращали до Микон, а затем и до Микун — через замену начального «н» на «м» под влиянием просторечного произношения или диалектной перестановки звуков. Такая модель словообразования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Микунов буквально означает «сын Микуна».

Существует и другая, менее распространённая версия, связывающая основу с диалектным словом «микун» — так в некоторых говорах называли молчаливого, неразговорчивого человека. Однако гипотеза о происхождении от имени Никон выглядит убедительнее: она опирается на устойчивый фонетический переход «н → м» в русских уменьшительных формах (ср. Никита → Микита, Никанор → Миканор). Кроме того, фамилия Микунов встречается в документах XVII века, что говорит о её давнем бытовании именно в среде крестьян и посадских людей, где сокращённые церковные имена были нормой.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях. Это подтверждает связь с северным наречием, где звук «м» в начале имени перед «и» был особенно устойчив. В современных справочниках Микуновых больше всего в Кировской и Нижегородской областях, что косвенно указывает на миграцию населения в XIX–XX веках из северных районов в более южные.

Интересная деталь: фамилия Микунов — не единственная в этом ряду. Её «двойники» — Микулин, Микулич, Микушин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что говорит о вариативности народного словообразования. Если предки носителя фамилии были крестьянами или ремесленниками, то прозвище Микун скорее всего закрепилось за главой семьи по имени, а не по занятию.