Фамилия Мильчутский — редкая, с прозрачной, но неочевидной внутренней формой. На слух она кажется польской или западнорусской, и это предположение верно: суффикс -ский указывает на шляхетское или, шире, на географическое происхождение. Такие фамилии чаще всего образовывались от названия местности (села, усадьбы, местечка), где жил первый носитель. Вопрос в том, от какого именно топонима.

Корень фамилии — Мильчут-. Если отбросить суффикс, остаётся основа, которая сближается с рядом личных имён и прозвищ. Самая вероятная версия: основа восходит к западнославянскому имени Мильчут — уменьшительной форме от Милослав, Милован или других имён с корнем mil- («милый», «любимый»). В польской и белорусской традиции такие сокращения типичны: Милько, Мильч, Мильчут. То есть Мильчутский — это «выходец из села, принадлежавшего человеку по имени Мильчут» или «потомок Мильчута».

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с диалектным прозвищем. В русских говорах слово «мильчук» или «мильчутка» могло означать человека тихого, скромного, «милого». Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ский редко крепится к бытовым прозвищам напрямую — он требует топонимического посредника.

География фамилии указывает на западные регионы бывшей Речи Посполитой — современные Беларусь, запад Украины, восток Польши. Фамилии на -ский в этом ареале были маркером мелкой шляхты или, реже, крестьян, получивших фамилию по названию имения. В Российской империи после разделов Польши такие фамилии нередко сохранялись у дворян, но могли перейти и к разночинцам.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мильчевский, Мильчановский, Мильчутов — подтверждает, что все они образованы от одного корня с разными суффиксами. Мильчутский стоит особняком: он сохранил редкий уменьшительный вариант имени, почти не встречающийся в современных антропонимиконах. Точных сведений о конкретном населённом пункте Мильчуты или Мильчутово в источниках нет, но это типичная ситуация для микротопонимов, исчезнувших хуторов или усадеб.

Таким образом, Мильчутский — фамилия с западнославянскими корнями, скорее всего, шляхетская по происхождению, образованная от личного имени Мильчут через название места жительства. Носитель такой фамилии мог быть потомком обедневшего дворянина или однодворца из белорусско-польского пограничья.