Фамилия Милега — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а польская или белорусская, но живёт она в русском ономастиконе. В отличие от типичных русских фамилий на -ов и -ин, суффикс -ега здесь сразу бросается в глаза. Он характерен для западнославянских языков, особенно для польского и белорусского, где такие окончания встречаются у прозвищ и фамилий (сравните: Деряга, Телега, но с другим ударением). В русском языке этот суффикс не продуктивен, поэтому носители фамилии Милега, скорее всего, имеют предков с территории современной Беларуси, восточной Польши или западных областей Украины.

Основа фамилии — «мил-». Самый прямой и правдоподобный вариант: от польского milega или белорусского мілега. Что это могло значить? Скорее всего, прозвище. В польских диалектах слово milega могло относиться к человеку «милому», «приятному» или, наоборот, к тому, кто «милуется», то есть любит нежничать, ласкаться. В белорусском языке есть слово «мілага» — с тем же корнем. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит личное имя Мил (Милий, Милан) с добавлением экспрессивного суффикса -ега, как в фамилиях Донега или Конега. Такая модель образования типична для прозвищ, которые давали по характеру или поведению.

География фамилии это подтверждает. В России Милега встречается редко, в основном в центральных и западных регионах, но заметно чаще — в Беларуси и Польше. В польских источниках фамилия Milega фиксируется с XVI–XVII веков, в основном среди крестьян и мещан. Это не дворянская фамилия, не шляхетская: суффикс -ега не характерен для польской шляхты, которая предпочитала окончания -ский/-цкий. Значит, предки носителя фамилии — простые люди, ремесленники или земледельцы, получившие прозвище за мягкий нрав или, наоборот, за излишнюю ласковость.

Сравните с однокоренными фамилиями: Милов, Миловзоров, Милюков. У них другая модель — патронимическая на -ов или отчество. Милега же стоит особняком: это не отчество, а застывшее прозвище, которое не склонялось по привычной схеме. В русском языке фамилия осталась неизменяемой, что тоже указывает на её иноязычное происхождение. Если ваш предок — Милега, то он был человеком с характером, который запомнили окружающие, а не просто «сыном Милы».