Фамилия Милексетова — редкий случай, когда прозвище или имя-основа с трудом поддаются однозначной этимологии. Если отбросить маловероятные экзотические версии, наиболее правдоподобным выглядит разбор через тюркское или арабо-персидское влияние, которое в русских фамилиях не редкость для южных и восточных регионов. Первая часть «Милексет» может восходить к имени Милек (ср. тюрк. «милек» — владение, собственность, или араб. «малик» — царь, владыка) с добавлением форманта «-сет», который встречается в адыгских и осетинских именах как показатель принадлежности или уменьшительности. В таком случае Милексет — это «принадлежащий Милеку» или «маленький Милек», а фамилия Милексетова указывает на потомка человека с таким прозвищем.

Словообразовательная модель типична для фамилий на -ов/-ев, образованных от личного имени или прозвища, и не содержит редких суффиксов. Однако сама основа настолько нестандартна, что можно предположить искажение при записи: в метриках или переписных листах писарь мог записать на слух кавказское или тюркское имя, не имея устоявшейся орфографии. Варианты вроде Милекседов, Милексед или Милексетов встречаются в документах Северного Кавказа и Закавказья XIX–XX веков, что подтверждает связь с местными антропонимами.

Социальный контекст фамилии неясен: Милексетова могла принадлежать как крестьянам-переселенцам, так и казакам или горцам, принявшим русскую фамилию. Встречается она преимущественно в Краснодарском крае и Ростовской области, что косвенно указывает на ареал бытования — территории с сильным тюркским и кавказским субстратом. Спорные версии, выводящие основу из греческого или славянского корня, слабы и не подтверждаются ни географией, ни документами, поэтому их можно отбросить.

Таким образом, фамилия Милексетова — скорее всего, русифицированная форма тюрко-кавказского личного имени или прозвища, отражающая этнические и миграционные процессы на юге России. Её носители могут искать корни в среде, где переплетались русские, адыгские, осетинские и тюркские традиции имянаречения.