Фамилия Милинец — один из тех случаев, когда звучание обманчиво. На первый взгляд в ней слышится что-то «милое» или даже «миллион», но на деле корень ведёт в совсем другую сторону — в географию и топонимику.

Основа фамилии — не личное имя и не прозвище, а название населённого пункта. В Беларуси и на западе Украины есть несколько деревень с названием Милин, Милино, Милинец. Человек, выходец из такого места, получал прозвание «Милинец» — то есть «житель Милина» или «тот, кто из Милинца». Модель образования типична для западных и юго-западных земель: суффикс -ец указывал на принадлежность к конкретному месту (сравните: «ростовец», «витебец», «черниговец»). Позже это прозвание закрепилось как фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «милина», которое в некоторых говорах означало «мякина», «полова» (отходы при обмолоте зерна). В этом случае прозвище Милинец могло относиться к крестьянину, который работал с зерном, веял или молотил. Однако топонимическое объяснение выглядит убедительнее: географические фамилии с суффиксом -ец в Польше, Беларуси и на Украине встречаются гораздо чаще, чем прозвищные от сельскохозяйственной лексики.

Фамилия Милинец — редкая. Основной ареал её бытования — западные области Украины (Волынь, Ровенщина) и юго-запад Беларуси (Брестчина). В русских землях она практически не встречается, что тоже указывает на её западнорусское или польское происхождение. В польском языке фамилия могла писаться как Miliniec, и её носители принадлежали к мелкой шляхте или крестьянству — точных сведений о сословной принадлежности нет, но по модели образования это скорее фамилия простого люда, а не знати.

В написании фамилии обращает на себя внимание ударение. В большинстве случаев оно падает на второй слог — Мили́нец, хотя в некоторых говорах допустимо ударение на первый. Это не ошибка, а отражение местной произносительной традиции.