Фамилия Милонсникова — редкий случай, когда основа слова не даёт однозначного толкования с первого взгляда. На слух она напоминает «милостыню» или что-то «милое», но корень здесь иной, и разбирать её стоит с суффиксальной части.

Суффикс -ник- указывает на род деятельности или принадлежность к предмету. В русских фамилиях он част: Мельников, Плотников, Скорняков. Основа «милонс-» в современном языке не встречается, но она явно образована от прозвища Милонс или Милонса. Откуда оно взялось — два основных предположения.

Первая версия: прозвище связано с диалектным словом «милон» или «милона» — так в некоторых говорах называли человека, который любит льстить, угождать или «миловаться», то есть нежиться, ласкаться. В этом случае Милонс — вариант с прибавлением экспрессивного суффикса -с-, характерного для прозвищ (ср. Борис, Тарас, но в уменьшительной форме: Милон + с). Тогда Милонсник — тот, кто имеет отношение к такому человеку: сын, внук или работник.

Вторая версия, более правдоподобная: искажение при переписи или на слух. Фамилия могла звучать как Милостникова — от «милостыня». Нищий, просящий подаяние, назывался милостником. В документах XVIII–XIX веков при записи фамилий неграмотным крестьянам писали «на слух», и буква «т» легко выпадала, а «с» удваивалась: Милостник → Милосник → Милонсник. Подтверждение этому — существование фамилии Милостников, которая встречается в центральных губерниях, особенно в Рязанской и Тамбовской. В пользу этой версии говорит и суффикс -ник-, который в фамилиях от социального положения обычен.

Географически фамилия Милонсникова (и мужской вариант Милонсников) фиксируется в основном в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральной России. Там искажения фамилий при переписях были особенно часты из-за смешения говоров.

Таким образом, предок носителей фамилии Милонсниковых с высокой вероятностью был нищим, который просил милостыню, или потомком такого человека. Менее вероятно, что прозвище относилось к льстецу или неженке. Ударение в фамилии падает на второй слог: Мило́нсникова.