Фамилия Миловатская — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание редким суффиксом. Она образована по модели, типичной для польской, украинской или белорусской шляхты: основа плюс суффикс -ск-/-цк- с окончанием -ая (в русской передаче). В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, такие фамилии часто указывают на географическое происхождение — по названию поместья, села или усадьбы. Иными словами, Миловатский — это тот, кто родом из места с названием Миловатое, Миловатка или Миловаты.

Корень «миловат-» прозрачен: он восходит к глаголу «миловать» (жалеть, проявлять милость) или к прилагательному «миловатый» (от «милый» — приятный, дорогой). Однако прямого прозвища «Миловатый» в древнерусской антропонимии почти не встречается. Гораздо вероятнее, что в основе лежит топоним. На карте России и Украины есть несколько деревень с похожими названиями: Миловатка (в Воронежской, Тульской, Саратовской областях), Милованье (в Белоруссии). Названия эти могли возникнуть от речки или урочища, где «миловали» — то есть проявляли пощаду, или от личного имени Милован (сербско-хорватского происхождения, означающего «тот, кого милуют»).

Версия с личным именем Милован тоже имеет право на существование, но она скорее балканская, чем восточнославянская. Для русских земель типичнее апеллятивная основа: «миловать» в значении «щадить» или «ласкать». В говорах встречалось и слово «миловатый» — не столько «очень милый», сколько «с приятной внешностью, располагающий к себе». Если фамилия действительно пошла от прозвища, то её носитель мог быть человеком мягким, добрым, либо, наоборот, иронично — тем, кто любил миловаться (нежиться, ласкаться).

Сословный состав носителей фамилии Миловатская — в основном дворянство и духовенство. Суффикс -ский в сочетании с окончанием -ая в XIX веке часто закреплялся за семинарскими фамилиями, которые давали будущим священникам при поступлении в училище. Однако в случае Миловатской географическая привязка сильнее: такие фамилии обычно получали выходцы из конкретного имения. Встречаются Миловатские в ревизских сказках Киевской, Подольской и Волынской губерний, что подтверждает западнорусское происхождение.

Поскольку фамилия не принадлежит к числу массовых, её носители сегодня рассеяны по разным регионам, но заметна концентрация на юге России и в Центральной Украине. Это редкая фамилия, которая не столько «говорит» о характере предка, сколько хранит память о месте, откуда пошёл род.