Фамилия Миляджанова — редкий пример, где женская форма, казалось бы, очевидная, скрывает за собой нестандартную мужскую основу. Если отбросить типичный для русского языка суффикс -ов, получим мужской вариант Миляджанов. Но здесь и начинается главная загадка: корень «Миляджан» не похож ни на славянское имя, ни на типичное прозвище. Всё указывает на восточное, скорее всего, тюрко-персидское происхождение.

Скорее всего, в основе лежит сложное составное имя. Первая часть — «Миляд» — может восходить к персидскому «милад» (рождение, день рождения) или к арабскому имени Милад, которое в мусульманских культурах иногда связывают с рождением пророка. Вторая часть — «джан» — классический персидский компонент, означающий «душа», «жизнь», «дорогой». В тюркских и иранских языках «джан» часто добавляли к именам как ласкательный эпитет. Таким образом, Миляджан вполне могло быть личным именем со значением «рождение души» или «дорогой, как рождение», а фамилия Миляджанов образована по русской модели от этого имени.

Есть и более прозаичная, но тоже правдоподобная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Миляджан, данного человеку с мягким, «душевным» характером. В этом случае «миля» — не имя, а диалектная или искажённая форма от «милый», а «джан» лишь усиливает это значение, создавая тавтологическое прозвище «милая душа». Однако такое объяснение менее вероятно, так как в тюркских языках «джан» органично сочетается именно с именами, а не с русскими прилагательными.

Географически фамилия Миляджанова встречается преимущественно в регионах России с компактным проживанием народов Дагестана, Поволжья и Закавказья — там, где исторически смешивались тюркские и иранские языки. Это косвенно подтверждает, что предки носителя фамилии могли быть татами, горскими евреями, азербайджанцами или представителями одного из дагестанских народов, у которых имя Милад или его производные не редкость.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской среде, скорее всего, в XIX — начале XX века, при переписях или выдаче документов. Это типичная история для многих восточных фамилий, которые «обрусели» только формально, сохранив чуждый славянскому уху корень.