Фамилия Милятинский — одна из тех, что сразу указывает на географическое происхождение своего первого носителя. Её основа — топоним, то есть название конкретного места. Судя по суффиксу -ский, это типичная «географическая» фамилия, которую в России чаще всего получали дворяне, духовенство или выходцы из западных земель (украинских, белорусских, польских). Человек, первым получивший фамилию Милятинский, скорее всего, был родом из села или местечка с названием Милятино, Милятин или Милятичи. Такие названия встречаются в нескольких регионах — например, в Смоленской и Калужской областях, а также на Украине.

Корень Милят- восходит к личному имени Милята. Это народная, уменьшительная форма от канонических крестильных имён: Емилиан (Эмилиан) или Милий. В бытовой речи имя легко сокращалось, как и многие другие: Петр — Петя, Милий — Миля. Суффикс -ята характерен для древнерусских полуимён, обозначавших молодого человека или сына: Милята — «маленький Милий» или «сын Милия». Со временем это прозвище закрепилось за человеком, а затем перешло на название деревни — Милятино, то есть «деревня Миляты». Таким образом, Милятинский — это «тот, кто из Милятина».

Интересно, что фамилия эта нечастая и имеет чёткую региональную привязку. В дореволюционных метрических книгах Милятинские встречаются преимущественно в западных и юго-западных губерниях Российской империи — там, где была сильна традиция фамилий на -ский. В отличие от простых крестьянских фамилий на -ов, которые образовывались от имени отца, Милятинский могла получить семья, переселившаяся из одного села в другое, или священник, которому давали фамилию по месту службы. В духовном сословии такие «топографические» фамилии были особенно распространены.

Если говорить о спорных версиях, то иногда корень Милят- пытаются связать с тюркским словом «милят» (нация, народ), но это маловероятно: для русской ономастики такое заимствование нехарактерно, и фамилия не фиксируется в южных степных регионах, где тюркские влияния сильны. Гораздо правдоподобнее славянская версия от имени Милята, тем более что она подтверждается реальной топонимикой.