Фамилия Миндигалиев строится по самой распространённой в русском языке модели — от имени или прозвища через суффикс -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или на -й. Здесь основа — Миндигали, а -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Миндигали». Такая схема типична для фамилий, возникших у тюркских народов в составе Российской империи, когда при записи в метрики или ревизские сказки к тюркскому имени добавляли русский патронимический суффикс. Поэтому Миндигалиев — фамилия, скорее всего, казахского, татарского или башкирского происхождения, но оформленная по русскому образцу.

Само имя Миндигали — сложное, составное. Первая часть, Минди, восходит к тюркскому слову «мин» (тысяча) или к арабскому «мин» (от, из), но в антропонимике чаще связывается с числительным «тысяча» в значении «множество», «великое число». Вторая часть — Гали — это арабское имя ‘Али (высокий, возвышенный, великий), одно из ключевых в исламе, имя халифа Али, зятя пророка Мухаммеда. Таким образом, Миндигали можно перевести как «тысяча Али» или «множество Али» — это не буквальное количество, а формула почтения: «обладающий достоинствами, как тысяча Али», то есть человек огромной доблести и веры. Подобные составные имена — Миндибай, Миндиахмет, Миннигали — часты у татар и башкир, где «мин» (или «мең») усиливает сакральное имя.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Миндигалиев стоит в одном ряду с Миндибаевым, Миндиахметовым, Миннигалиевым. Разница в написании — Минди- или Минни- — объясняется диалектными особенностями произношения: в одних говорах носовой гласный передаётся как «ин», в других — как «инн». Фамилия Миндигалиев менее распространена, чем, скажем, Мингалиев, но её ареал — преимущественно западный Казахстан, Оренбургская и Астраханская области, где смешаны казахское и татарское население. Встречаются варианты Миндигалиев и Миндигалиев — с ударением на второй или третий слог, что зависит от местной традиции произношения.

Социальный контекст: носители фамилии — потомки крестьян или казахов-скотоводов, получивших фамилию в XIX — начале XX века при административном учёте. Никаких указаний на дворянство или купечество нет, это фамилия, закреплённая за простыми людьми, но с именем, полным религиозного и эпического смысла.