Фамилия Миндигалиева образована от мужского имени Миндигали — сложносоставного тюркского антропонима, распространённого у башкир, татар и казахов. Первая часть «мин» восходит к слову «минг» — «родинка» или «тысяча» (в зависимости от диалекта), а вторая часть «гали» — арабское имя Гали (Али), означающее «возвышенный», «могучий». Таким образом, имя Миндигали можно перевести как «тысяча (или родинка) Али» — распространённый тип имён-оберегов, где числительное или примета усиливали сакральную защиту имени пророка или святого. Суффикс -ева указывает на принадлежность: Миндигалиева — «дочь (или жена) Миндигали». Поскольку фамилия женская по форме, её носительницы — потомки человека по имени Миндигали.

Географически фамилия чаще всего встречается в Башкортостане и Татарстане, а также среди башкирских и татарских диаспор в Челябинской и Оренбургской областях. Мужской вариант — Миндигалиев — записан в тех же регионах, но женская форма Миндигалиева нередко фиксируется в паспортах как основная фамилия (без перехода в мужской род при замужестве, что свойственно тюркским традициям). В ономастических справочниках по тюркским фамилиям (например, в работах Г. Саттарова или Р. Халиковой) имя Миндигали рассматривается как вариант имени Мингали, где «мин» — указание на родинку, которая в народной культуре считалась знаком удачи или защиты от сглаза.

Интересная деталь: в башкирской среде фамилия Миндигалиева могла возникнуть не только от личного имени, но и от прозвища, данного человеку с родинкой на лице или теле. В таком случае имя становилось не столько религиозным, сколько бытовым признаком, закреплённым в роду. Сравнение с однокоренными фамилиями — Мингалиев, Миндибаев — показывает, что основа «мин» в них устойчиво указывает на внешнюю примету, а не на число. Поэтому версия с «родинкой» для Миндигалиева выглядит более правдоподобной, чем с «тысячью», хотя обе имеют право на существование.