Фамилия Минишина образована от женской формы Минишина, но её основа — мужское прозвище или имя Миниша. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Минишина — «дочь или жена Миниши». Само же Миниша — это усечённая форма от канонического имени Мина (греч. «месяц») или уменьшительное от Минай, Миней. В просторечии такие формы были обычны: Миня, Минечка, Миниша. Однако есть и вторая версия: Миниша могло быть прозвищем от слова «мина» — в диалектах так называли гримасу, выражение лица, или даже от «минить» (рязанское «минить» — помнить, думать). Тогда прозвище получал человек с выразительной мимикой или задумчивый, памятливый.

Фамилия редкая, с ярко выраженной севернорусской или поволжской окраской: суффикс -ин типичен для земель, где патронимы на -ин преобладали над -ов. Встречается преимущественно в центральной России и на Урале, но в массовых списках не частотна. Отсутствие суффикса -ов/-ев говорит о том, что фамилия закрепилась в крестьянской или мещанской среде, где патронимы на -ин были нормой, а не в дворянских родах, где чаще писали Минины или Миничи.

Интересная деталь: фамилия Минишина может быть связана с топонимом Минишино — такие названия деревень есть в Костромской и Ивановской областях. В этом случае предок получил фамилию по месту жительства: «из Минишина». Но это лишь косвенная версия, так как основная модель — от личного имени или прозвища. Сравните с однокоренными фамилиями: Минин, Минаев, Минаков — все они восходят к тому же корню Мина, но разными суффиксами. Минишина выделяется именно уменьшительно-ласкательным суффиксом -иш-, что делает её более «домашней» по происхождению.