Фамилия Минишева — женская форма фамилии Минишев, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Словообразовательная модель здесь классическая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Минишев, то есть сын или потомок Миниша). Основа «Миниш» — это, скорее всего, производная форма от крестильного имени Мина (греч. «месяц») или от редкого имени Миний. В русской народной традиции имена часто усекали и добавляли уменьшительно-ласкательный суффикс -иш: так из Мины получался Миниш, а из него — фамилия.

Версия с тюркскими корнями менее вероятна, но не исключена. В татарском языке есть слово «минеш» (езда верхом, поездка), однако для образования фамилии оно нехарактерно: прозвища по действию обычно давали в форме причастия (например, «Ездок»), а не существительного с таким суффиксом. Поэтому наиболее правдоподобно, что Минишевы — потомки человека по имени Мина или Миний, которого в быту звали Минишем.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и поволжских регионах России. Поскольку основа явно христианская, предки Минишевых, вероятно, были русскими крестьянами или мещанами, получившими фамилию по имени отца в XIX веке после отмены крепостного права. Сословная принадлежность не прослеживается — фамилия не упоминается в дворянских родословных книгах.

Если сравнивать с однокоренными, то Минишев стоит в одном ряду с Мининым, Минаевым, Минаковым. Разница только в суффиксе: -ин даёт прямое указание на отца (Мина → Минин), а -ев через уменьшительную форму (Миниш → Минишев) — более опосредованное. Такая модель встречается реже, что делает фамилию отличительной, но не уникальной по смыслу.