Фамилия Миннегалимов — типичный пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на тюркское, точнее татаро-башкирское, имя. Основа здесь — арабское по происхождению имя Миннегалим (или Миннигалим), которое состоит из двух корней: «мин» (в татарском языке — «родинка», но в составе имён часто выступает как часть сложного слова со значением «тысяча», то есть «множество») и «галим» (от арабского «алим» — «учёный», «знающий»). Таким образом, имя Миннегалим можно перевести как «тысяча учёных» или «множество знаний» — в мусульманской традиции это пожелание ребёнку быть очень образованным, превзойти многих в мудрости.

Русский суффикс -ов стандартно присоединили к основе Миннегалим, чтобы образовать фамилию по модели «чей сын?» — Миннегалимов, то есть потомок Миннегалима. Такая схема — татарское имя плюс русский суффикс — массово закрепилась в XIX веке, когда татары и башкиры, принимая христианство или проходя перепись, получали фамилии по отцу. Однако Миннегалимовы в подавляющем большинстве остались мусульманами, просто их имена записали в русской транскрипции.

Географически фамилия плотно привязана к Татарстану, Башкортостану и прилегающим областям — Оренбургской, Челябинской, Самарской. Встречаются варианты написания через двойное «н» (Миннигалимов) — это ближе к оригинальному звучанию в татарском языке, где первый слог произносится более отчётливо. В паспортах советского времени часто фиксировали упрощённый вариант «Миннегалимов», так что обе формы можно считать равноправными.

Сословная принадлежность у носителей фамилии была разной. Среди Миннегалимовых встречались и крестьяне-тептяри (сословие, платившее оброк), и торговцы, и муллы. В метрических книгах Оренбургской губернии начала XX века эта фамилия нередка у зажиточных татарских семей, которые держали лавки или занимались скотоводством. Никаких дворянских корней у неё нет — это чисто народная, крестьянско-мещанская фамилия, что, впрочем, не умаляет её звучности и древности самого имени.