Фамилия Минобудинова — редкий случай, когда основа практически прозрачна, но механизм её образования ставит в тупик. Самая вероятная версия: перед нами женская форма от Минобудинов, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Минобуда. Корень здесь — глагол «будить» (в старом значении «побуждать, заставлять», а не только «прерывать сон»). Первая часть «мино-» — это, скорее всего, искажённое или диалектное «мене-» (от «менять»). Таким образом, Минобуда — человек, который меняет побуждение, то есть непостоянный, переменчивый в своих решениях, или же тот, кто «перебивает» (меняет) чужой порыв. Прозвище могло закрепиться за беспокойным, суетливым или, напротив, умеющим переубедить человеком.

Словообразовательная модель нестандартна. Обычно фамилии на -ов/-ев образуются от полных форм имён (Иван — Иванов) или прозвищ, заканчивающихся на согласный (Кузнец — Кузнецов). Здесь же основа Минобуд(а) даёт форму Минобудин, а не Минобудов. Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ на -а/-я (Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин). Значит, прозвище Минобуда воспринималось как слово мужского рода с окончанием -а, что характерно для многих старых русских имён и прозвищ (Добрыня, Забава, Молчана). Фамилия Минобудинова — это буквально «жена или дочь Минобудина», где -а — стандартный женский суффикс.

Географически фамилия, скорее всего, происходит из центральных или северных областей России, где были распространены «говорящие» прозвища на -а. В южнорусских и украинских землях аналогичное прозвище дало бы фамилию Минобуденко. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища, закрепившегося в конкретной деревне или волости.

Стоит упомянуть и альтернативу, хоть и менее вероятную. «Мино-» могло быть не от «менять», а от тюркского «мин» (тысяча) или «минг» (вечный). В таком случае Минобуда — сложное имя-оберег с тюркским корнем, означающее «тысяча побуждений» или «вечно бодрствующий». Однако для русского уха такая конструкция чужеродна, и фамилия не имеет типичных тюркских суффиксов (-ев, -ов в этом случае были бы, но сочетание «Минобуда» как цельное имя у тюркских народов не зафиксировано). Поэтому версия с русским корнем «будить» и диалектным «менять» остаётся основной.