Фамилия Миногин образована от прозвища Минога, которое восходит к нарицательному названию рыбы со змеевидным телом — миноги. Минога — древняя бесчелюстная рыба, которую на Руси знали хорошо: её ловили в реках, солили, жарили и подавали к столу. Прозвище Минога могло закрепиться за рыбаком, торговцем рыбой или просто за человеком, которого сравнивали с этой скользкой и цепкой тварью за неуловимость, живучесть или необычную внешность.

Модель образования фамилии простая и типичная для северорусских и центральнорусских говоров: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а. Так из прозвища Минога получилась фамилия Миногин — «сын Мино́ги», «из рода Мино́ги». Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к отцу или главе семьи, и Миногин здесь стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Сомин, Ершов, Окунев, Щукин, — все они образованы от названий рыб и речных обитателей.

Прозвища по названиям рыб были широко распространены в славянской среде. Они могли отражать род занятий человека, его внешние черты или даже особенности характера. В случае с Мино́гой важно помнить, что эта рыба ведёт скрытный образ жизни, присасывается к камням и другим рыбам, а её тело лишено чешуи и покрыто слизью. В народной культуре минога не считалась благородной рыбой, поэтому прозвище могло быть ироничным — так могли назвать юркого, пронырливого человека, умеющего «прилипать» к нужным людям.

Встречается и другая, менее вероятная версия: в некоторых говорах «миногой» называли не только рыбу, но и неопрятного, скользкого на вид человека. Однако эта гипотеза не имеет широкой поддержки в ономастической литературе, и основная версия остаётся связанной именно с рыбой.

Отдельного упоминания заслуживает редкий случай, когда прозвище Минога могло быть не мирским именем, а охранительным. Давая ребёнку имя с «неприглядным» значением, родители надеялись обмануть злых духов: мол, не человек это, а рыба, нечего на него зариться. Такая практика была известна у славян, и если Минога — именно такое имя, то фамилия Миногин хранит память о древнем обряде защиты младенца.

Точное время и место возникновения фамилии Миногин назвать сложно: прозвищные фамилии на -ин активно формировались в XV–XVII веках, но процесс этот шёл неравномерно в разных землях. Встречаемость фамилии Миногин в современных источниках невелика, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, в одном из речных регионов, где минога была промысловой рыбой, например, в бассейне Волги, Оки или в северных реках. Окончательный ответ о конкретной местности может дать только серьёзное генеалогическое исследование с опорой на писцовые книги и метрические записи.

Сегодня фамилия Миногин — это не просто наследственное именование, а живая связка с миром русских рек и промыслов. За ней стоит не абстрактное «рыбное» прозвище, а конкретный человек — возможно, рыбак, тянувший невод на рассвете, или бойкий говорун, которого за глаза сравнивали с юркой миногой.