Фамилия Миняфаев — редкий пример фамилии, образованной от арабского имени с помощью русского патронимического суффикса. В её основе лежит мужское имя Миняфай, которое представляет собой искажённую или диалектную форму арабского имени Муниф (Munif). В переводе с арабского «муниф» означает «высокий», «возвышенный», «превосходящий» — эпитет, подчёркивающий достоинство и статус. Прибавление суффикса -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) превратило имя отца в фамилию сына: буквально «потомок Миняфая».

Интересно, что имя Муниф хорошо известно в мусульманском мире, но в русской среде оно часто приобретало необычные формы из-за особенностей местного произношения — так вместо «Муниф» появлялись «Миняф», «Миняфай» или «Минафай». Фамилия Миняфаев закрепилась в тех регионах, где татары и башкиры исторически соседствовали с русским населением: в Поволжье, Приуралье, а также среди касимовских и мишарских татар. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крещёными татарами или мусульманами, принявшими русскую модель именования в XIX веке, когда фамилии массово присваивались по отцу.

В словообразовательном плане Миняфаев стоит в одном ряду с фамилиями Миняев, Минаев, Мингаев — все они происходят от имён с корнем «мин-» (от арабского «ма‘н» — смысл, значение, или «мун» — часть сложных имён). Но Миняфаев выделяется тем, что сохранил полную форму имени с конечным элементом «-фай», что указывает на тюркскую огласовку арабского заимствования. Встречается и вариант Миняфов — более краткий, где «-ай» отпал, но именно Миняфаев точнее передаёт исходное имя.

Фамилия не принадлежит к числу распространённых: носителей можно встретить в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди татарской диаспоры в Средней Азии. Социальный состав предков — вероятнее всего, крестьяне или мелкие торговцы, поскольку фамилии на -ев от арабских имён характерны для непривилегированных сословий, получивших фамилии позже дворянства.