Фамилия Миньянов образована от прозвища или нецерковного имени Миньян. В основе почти наверняка лежит слово «миньян» — так в иудаизме называют кворум из десяти мужчин, необходимый для общественной молитвы. В среде еврейского населения Восточной Европы и Российской империи это слово было широко известно, а прозвище Миньян мог получить человек, который постоянно собирал этот кворум, был активным прихожанином или даже выполнял функции, близкие к синагогальному служке. Фамилии на -ов, образованные от еврейских бытовых и религиозных терминов, встречаются у ашкеназских евреев, особенно на территориях бывшей черты оседлости.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии, что типично для регионов, где еврейское население контактировало с русской административной и языковой средой. Встречается и вариант написания Миньян, без суффикса, но форма Миньянов — патронимическая, буквально «сын Миньяна» или «из рода Миньяна».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем, например, с татарским словом «мин» (родинка, знак) или арабским «мин» (от, из), но в сочетании с суффиксом -ьян это даёт нестандартную и малоправдоподобную модель для русской фамилии. Поэтому иудейское происхождение — основная и наиболее обоснованная версия, которую поддерживают специалисты по ономастике, работавшие с фамилиями еврейского населения Российской империи.

Географически фамилия Миньянов тяготеет к западным губерниям — Киевской, Волынской, Подольской, а также к Бессарабии. В советское время носители разъехались по стране, но историческое ядро остаётся в этих местах. Сословно предки Миньяновых, скорее всего, относились к мещанам или ремесленникам, реже — к купечеству, поскольку в черте оседлости фамилии такого типа не были дворянскими.