Фамилия Миргатулина — женская форма Миргатулин. Её основа — составное арабское или тюркско-персидское имя Миргатулла. Первая часть «мир» восходит к арабскому «эмир» (повелитель, князь) или к тюркскому «мир» (мир, спокойствие). Вторая часть «гатулла» — искажённое или диалектное произношение арабского «гатуллах» (араб. عطاء الله — «дар Аллаха», «подарок Бога»). Таким образом, имя Миргатулла можно перевести как «повелитель дара Аллаха» или «мир как дар Божий». Встречается и вариант Атагулла — с тем же значением.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Миргатулин буквально означает «сын Миргатуллы» или «из рода Миргатуллы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а, -я. В татарской и башкирской среде, где фамилии часто русифицировали, суффикс «-ин» закрепился за основами на гласный, в отличие от «-ов» для основ на согласный.

Фамилия распространена среди татар, башкир и других тюркоязычных народов Поволжья и Приуралья, особенно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Носители фамилии — потомки людей, носивших имя Миргатулла. Это имя давали мальчикам в семьях, где ценили религиозное образование и почитали исламские традиции. Среди предков Миргатулиных могли быть муллы, учителя медресе или просто благочестивые крестьяне. Встречается и вариант написания Миргатуллин — с двойным «л», что отражает более точную арабскую транскрипцию.